藤田醫科大學消化科大宮教授指出，艱難桿菌感染的治療效果是一方面，而針對潰瘍性腸炎的糞菌移植方法，還需要更科學的治療方法研究與進步。

大宮教授認為，糞菌移植會遇到患者腸內菌群與供體腸內菌群的不吻合，不確定要素過多，結果也有不確定性。供體糞便的未知病毒、菌種可能導致傳染風險上升。另外供體的招募與移植非常繁瑣，可受益的患者可能不多。

為了提高糞菌移植的科學性，以及治療效果，應該固定供體候補人群。加拿大的臨床試驗緩解得到疾病緩解的9名換這中，7人使用的了同一位供體的糞便，這說明選擇合適腸內菌群的供體至關重要。不同供體的糞便不同，分析檢查后鎖定治療效果好的供體糞便，用來糞菌移植是最理想的。

在大宮教授看來，要提高糞菌移植之的療效，同時使用除菌療法可能更有利。在移植前對患者紊亂的腸內菌群進行清掃，移植后更容易再現健康菌群。過去用除菌療法患者可能復發，如果能在除菌后追加糞菌移植，患者可能保持較長時間的緩解狀態。

實際上，現在正在順天堂醫院進行的糞菌移植試驗，已經組合了除菌療法。而國立成育醫療研究中心將開展這樣的聯合療法試驗。

大宮教授說，目前糞菌移植的治療方法沒有明確的共識，臨床效果和安全性上都有很多課題有待解決。但是與目前的藥物療法和對癥療法相比，糞菌移植的方向正確是毋庸置疑的。今后還要進一步解析細菌群的主要參與者。

潰瘍性腸炎屬于炎癥性腸炎的難治疾病范疇，近幾年人們搞清了腸內菌群的構成、功能異常與病態的關系。過去曾經嘗試過糞菌移植的方法，反復灌腸和移植非常花時間，不方便，患者負擔比較重。2018年2月在東京召開的第14次日本消化道學會學會會議上，順天堂大學消化內科的石川大副教授公布了使用新抗菌藥物與糞菌移植試驗的有效性，得到了學術界的一致認可。

石川副教授說，聯合抗菌藥物的糞菌移植療法，需要3種藥物(阿莫西林、磷霉素、甲硝唑)口服兩周，清除潰瘍性腸炎的惡化因素重塑腸內菌群，等40小時待抗菌藥物在血中濃度降低后進行糞菌移植。到目前為止的案例，單獨除菌和單獨用糞菌移植的治療效果都不佳，這一點我們已經明確，所以考慮先除菌后移植的效率會更高。在實踐中也確實證明了這個設想，提高了治療效果，但是還要明確糞菌移植后是否轉換了患者的腸內菌群，長期有效。我們考察了2014年6月至2016年3月的潰瘍性腸炎患者27例，解析了他們治療前后的腸道細菌。結果顯示，患者治療前的腸道細菌與供體大相徑庭，潰瘍性腸炎患者在治療前的菌群中有益菌比例低，有害菌比例高，細菌種類也比健康人少。移植了健康人的糞菌后，患者腸道內菌群明顯改善，種類數和單種菌百分比與健康人群接近。石川認為這次試驗證明了方法的有效性，目前還需要時間觀察患者的長期治療效果。